1894 yılında Mutasarrıf Neşet Paşa ve dönemin Belediye Başkanı olan Hacı Mestan Efendi zamanında yaptırılmıştır.

1983 yılından itibaren sürdürülen restorasyon, teşhir-tanzim çalışmaları sonucu 14 Ocak 1994 tarihinde Müze ziyarete açılmıştır.

Bodrum hariç iki katlı betonarme olan yapının; girişinde Tabiat sergi salonu, üst katında ise arkeoloji ve etnografya seksiyonları bulunmaktadır.