Trabzon Müzesi olarak düzenlenen konak, Zeytinlik Caddesinde, 1900’lü (1898-1913) yılların başlarında Banker Kostaki Teophylaktos tarafından büyük programlı konut olarak yaptırılmıştır.Konağın mimarlarının ismi tespit edilememiştir. Ancak mimarlarının İtalyan olduğu belirlenen yapıda kullanılan bir çok malzemenin İtalya’dan getirildiği bilinmektedir. Kostaki Teophylaktos 1917 yılında iflas edince, bu yapıyla birlikte bütün mal varlığına haciz konulmuş ve konak Nemlioğlu ailesi tarafından satın alınmıştır. Milli mücadele yıllarında karargah binası olarak kullanılan yapı, 1924 yılında Atatürk’ün Trabzon’u ilk ziyaretinde konaklaması için düzenlenmiştir. Atatürk ve eşi Latife Hanım ve beraberlerindekiler 15-17 Eylül 1924 tarihlerinde bu konakta kalmışlardır.